بدأت النشاطات البحثية في المكتب منذ الأيام الأولي لتأسيس مكتب الإعلام الإسلامي. و مع مرور ما يقارب العقدين من الزمن علي تلك الجهود المضنية في البحث تحت عنوان «مركز الدراسات و التحقيقات الإسلامية» تم في سنة 2004  تأسيس «مركز بحوث العلوم و الثقافة الإسلامية» و ذلك من قبل المجلس الأعلي للتنمية.
و يعتمد البحث في مكتب الإعلام و مركز بحوث العلوم و الثقافة الإسلامية علي 82 عضوا في الهيئة العلمية و 550 محققا من الباحثين المبدعين في الحوزة مستعينين بالمناهج العلمية و البحثية الحديثة و من خلال الإستفادة من المجالات و القابليات المغمورة في الحوزات العلمية، حيث يسعون في «إنتاج و توسعة العلوم و المعارف الإسلامية» و «توفيرالمعلوماتية و محتويات الميادين الثقافية» و «تسيير البحث باتجاه تأمين الاحتياجات المعرفية للمجتمع و النظام» و تتضمن هذه المجموعة في وقتنا الحاضر 5 معاهد بحوث في «الفلسفة و الكلام الإسلامي»، و «الفقه و الحقوق» و «العلوم و الفكر السياسي» و «تاريخ و سيرة أهل البيت» و «انتظار النور» و 6 مراكز علمية بحثية وطنية من قبيل «الإجابة علي الإسئلة الدينية»، «الثقافة و المعارف القرآنية»، «إحياء الآثار الإسلامية»، «المعلومات و الوثائق الإسلامية»، و «الدراسات الثقافية و الاجتماعية» و «الثورة المعلوماتية و«توسعة العلوم الإسلاميةُ» و 6 مجاميع مستقلة بحثية بمدينة قم، و مشهد، و اصفهان، و «الاخلاق و التربية الإسلامية» و «الاستغراب»، و «الاديان» و «المذاهب و الفرق الإسلامية» و «العلوم الإقتصادية» و «العلوم الاجتماعية» و مركز برمجة مراكز الإجابة علي المسائل الدينية.
كما و يحتوي علي مركز الإصدارات أطلق عليه عنوان «مركز اصدار مركز البحوث» و كذا 15 مكتبة عامة و تخصصية (حيث تحتوي علي أكثر من 105000كتاب) و مكتبة رقمية تحتوي علي (4000 عنوان كتاب و 3000 مقالة) و هي تمثل مجموعة أخري من مراكز هذا القسم.
و من الخدمات القيمة الأخري التي قدّمتها هذه المؤسسة التي تمثل أكبر مجموعة في البحث الديني في الجمهورية الإسلامية الإيرانية و التي لها قابلية الدعم العملي و النظري لمؤسسات النظام هو اصدار 347 كتابا فاخرا و 112 كتابا يجري العمل علي  طباعتها و أكثر من 300 مشروع يعمل المحققون و المترجمون علي تحقيقه و 8 نشرات تخصصية في مجال النقد و الرأي، و مرآة البحث، و الحوزة، و الفقه، و مركز بحوث المجتمع، و الأخلاق، و البحوث القرآنية و بكاه الحوزة، و اختيار أكثر من 100 اثر مختار في المؤتمرات المختلفة، وكسب عناوين أفضل كتاب للعام علي مستوي البلاد و الحوزة، والجامعات و مراكز البحث الديني و ...، و إقامة العشرات من المؤتمرات الدولية، و الملتقيات الوطنية، و كرسيّ التنظير و المناظرات العلمية، و كرسيّ الفكر الحرّ وجلسات نقد الكتاب، و إيجاد 14 موقعا الكترونيا فعّالا و إصدار 7 أقراص مرنة علمية و بحثية.
و تتمتع معاونية البحوث بوجود موقع رسمي لمركز بحوث العلوم و الثقافة الاسلامية و هو:
www.isca.ac.ir
و من المعاهد و المراكز و الأقسام البحثية التابعة لمعاونية البحوث، ومركز بحوث العلوم و الثقافة الاسلامية كل من:
مركز بحوث الفلسفة و الكلام الإسلامي
تم تأسيس معهد البحوث هذا بهدف التعريف بتعاليم الإسلام النظريّة ذات المنحي العقلي و النقلي، و مراجعة و إعادة صياغة التراث الفلسفي الإسلامي و الكلامي و الإجابة علي الشهبات الفكرية و ذلك سنة 1994. و قد ساهم معهد البحوث هذا و الذي يتوزع نشاطه في ثلاثة فروع هي: «الفلسفة» و «العلوم» و «فلسفة الأخلاق» في إصدار 43 تأليف فاز أربعة عشر كتابا منها في احتفاليات مختلفة كما و يوجد هناك 10 آثار جاهزة للطبع، وستة مشاريع كبيرة في مجالات: «الفلسفة التحليلية، و علم الأصول، و فلسفة النفس، و قدرات الفلسفة الإسلامية، و رسالة الفكر للمتلكمين الشيعة، و العقل و الدين و نظريات أخلاقية» و عشرات المشاريع التي يعمل الباحثون و المترجمون علي التحقيق فيها أو ترجمتها.
كما و اقام معهد بحوث الفلسفة و الكلام الاسلامي أكثر من 32 ملتقي علميّا:
و يصدر مركز البحوث الفصلية التخصصيّة «نقد و نظر» و ذلك في مجال الفلسفة و الإلهيات.

معهد بحوث الفقه و الحقوق
 تأسس معهد البحوث هذا سنة 1995 و ذلك بهدف إعادة البحث في المناهج و الإطر النظرية لعلم الفقه و القانون و توسعة الفقه في المجالات الفردية و الإجتماعيّة الحديثة.
و قد أصدر معهد الفقه و الحقوق و الذي يعمل من خلال ثلاث مجاميع بحثية هي «الفلسفة و الفقه و القانون الإسلامي» و «العلوم التابعة للفقه» و «المسائل الفقهية والقانونية» أكثر من ثمانين تأليفا استطاع  28 منها أن يحصل علي قبول لجان التحكيم في احتفاليات مختلفة.
كما و يتوفر لدي مركز البحوث هذا 7 آثار معدّة للنشر و كذا أكثر من 40 مشروعا في طور البحث،  كما و أقام أكثر من 12 ملتقي علميا.

معهد  بحوث العلوم و الفكر السياسي
أسس معهد البحوث هذا سنة 1994 و ذلك بهدف البحث و التحقيق في مجال العلوم و الفكر السياسي للإسلام و الإجابة علي الإحتياجات المعرفية الناتجة عن استقرار النظام الإسلامي.
و قد أصدر معهد بحوث العلوم و الفكر السياسي و الذي يعمل من خلال ثلاثة مجاميع بحثية هي: «الفلسفة السياسيّة»، و «الفقه السياسي» و «العلوم السياسية» 65 أثرا استطاع 35 منها أن ينال قبول لجان التحكيم في احتفاليات مختلفة. و هناك 15 أثرا جاهزاً للإصدار و 60 مشروعا يتم العمل به. 
يذكر أن المركز كان قد عقد 93 ملتقي علميّا و 17 جلسة لنقد الكتاب لحدّ الآن.
 
معهد بحوث التاريخ وسيرة أهل البيت (ع)
أسس مركز البحوث هذاللتحقيق و الدراسة المنهجية المرتبطة بتاريخ و سيرة أهل البيت (عليهم السلام) والأرضية المؤثرة فيها و ذلك سنة 1985.
و قد أصدر معهد بحوث التاريخ و سيرة أهل البيت (ع) و الذي يعمل من خلال ثلاثة مجاميع بحثية هي:
 «تاريخ التشيع»، و «سيرة أهل البيت (عليهم السلام)» و «الثقافة و الحضارة الإسلامية» حتي الآن 9 كتب فيما يترقب إصدار 9 كتب أخري، و هناك 17 عنوانا يجري العمل عليها، و من النشاطات الأخري المعهد  البحوث هذا إقامة أكثر من 15 ملتقا علميا دار البحث فيها حول مسائل تاريخية وسيرة أهل البيت(ع).

معهد المهدوية و البحوث المستقبليةُ
تم تأسيس معهد البحوث هذا سنة 1998 تحت عنوان مؤسسة انتظار النور الثقافية و البحثية  و ذلك بهدف تعميق و بيان و نشر الثقافة المهدوية و العمل علي أداء التحقيقات الأساسية و العمليّة في هذا المجال حيث تضم اليوم  8 مجاميع تحقيقية و من جملة نشاطات المعهد هذا البحث و التعرّف علي المسائل الاساسية للمهدوية و إقامة 10 ملتقيات سنوية و إصدار 350 كتابا و الإعداد لإصدار 11 كتابا آخر، و إنشاء مكتبة تخصصية في موضوع المهدوية، و البحث في 20 ألف سؤال ديني في هذا المجال، و كذا البحث في 170 دورة تفسيرية سنية و شيعية، و إصدار المئات من المؤلفات و المصادر الروائية للقرون العشرة الأولي من تاريخ الإسلام، والبحث في 5600 رواية في باب المهدوية، وانتاج أقراص مرنة حول الإمام المهدي و تأسيس مركز البحوث المجازية في موضوع المهدوية، وتربية العشرات من الخبراء والمتخصصين في الشأن المهدوي و إقامة العشرات من الملتقيات و الجلسات التخصصيّة التي تهدف الي إدخال المسار المهدوي في مسلكه الصحيح في المجالات العلمية و البحثية، و التعليمية و الثقافية و ...
و لمركز البحوث هذا موقعان الكترونيان هما: www.moslih.com    و www.monjee.com
مركز الثقافة و المعارف القرآنية
يعدّ هذا المركز من أكبر المراكز في البحوث القرآنية و كان باكورة عمله سنة 1987بتأليف (تفسير راهنما [المرشد]) و قد تحوّل هذا المركز الي أحد أهم المراكز النادرة في المجال القرآني عالميا و ذلك لما قدمه من مشاريع كبيرة و وطنية من قبيل «دائرة المعارف القرآنية» و «قاموس القرآن» و «اصطلاحات المعارف القرآنية» و «القاموس الموضوعي للتفاسير» و «ترجمة حياة الباحثين في الشأن القرآني» و التراجم الجديدة للقرآن الكريم و الإجابة علي آلاف الأسئلة و الشبهات القرآنية و ...
و من الخدمات القيّمة الأخري التي قدمها هذا المركز هو إنتاج العلوم القرآنية و المساهمة في البحوث الحديثة التي تتطابق و حاجة المخاطبين و تقديمها إلي الباحثين فيما يرتبط  و القرآن الكريم.
و لهذا المركز موقع الكتروني هو:   www.maarefquran.com

قسم بحوث «الإخلاق و التربية الإسلامية»
إن من جملة المهام و الإهداف التي تقع علي عاتق هذا القسم الذي يعمل في مجال البحوث الإخلاقية و الذي تأسس سنة 2003 هو بيان و تنقيح المباني و الإطر النظرية لعلوم الإخلاق و التربية الإسلامية و كذا بيان و تجديد المذاهب و النظام الاخلاقي و التربوي في الإسلام و اثبات جدارته و أرجحيته، و الدفاع العقلاني عن التعاليم الإخلاقية و التربوية للإسلام، و إبداء المثل الإخلاقية الجديدة و تأمين الأسس النظرية للتوسعة الإخلاقية في نظام الجمهورية الاسلامية.
و يعمل هذا القسم اليوم بثلاثة فروع هي أخلاق التوازنية  و الأخلاق العملية و التربية الإخلاقية.

مركز إحياء التراث الاسلامي
بدأ مركز أحياء التراث الاسلامي نشاطه كأحد الأقسام الرئيسية للتحقيق في مكتب الإعلام الاسلامي و ذلك  سنة 1985 تحت عنوان قسم إحياء التراث الاسلامي و بهدف إعادة النظر النقدية للنصوص الاساسية للشيعة
و قد واصل هذا المركز نشاطاته بعد تأسيس مركز بحوث العلوم و الثقافة الاسلامية و تحت عنوان مركز إحياء التراث الاسلامي.
وبعد ما يقارب الربع قرن علي الجهود القيّمة لمركز إحياء التراث الإسلامي في مجال أعادة التعرّف علي التراث الشيعيّ المدوّن و من خلال اعتماد المحققين المرموقين و التصحيح النقدي للنصوص مستفيدا من آخر ما توصل اليه العلم في هذا المجال فقد تم إصدار 38 أثرا ضمن 86 مجلدا، ليطرح نفسه كمركز فاعل في هذا المجال.
يذكر أنّ 14 أثرا من إصدارات هذا المركز كانت قد نجحت في نيل قبول المهرجانات العلمية في البلاد و منها مهرجان اختيار أفضل كتاب في الجمهورية الاسلامية في إيران.

مركز المعلومات و الوثائق الاسلامية
تم تأسيس هذا المركز أوائل الثمانينات بهدف الاستفادة من التطور المعلوماتي و الاتصالات الحديثة و تجميع المصادر و توسعة النشاطات العلمية.
و قد كان لمركز المعلومات و الوثائق الاسلامية نشاطات ملحوظة خلال ربع قرن مضي و ذلك في أقسام تحقيقية مختلفة من قبيل : القواميس، والقواميس الاسلامية في فروع العلوم القرآنية، والفلسفة الاسلامية، و أصول الفقه، و الكلام الإسلامي، والأخلاق الإسلاميّة، و المنطق، والفقه، و الوثائق و الفهارس و الفهرسة الموضوعية، و التراجم، وإعادة وتقويم النصوص و كذا تقديم و الإصدارات الإكترونية من قبيل : المكتبات الرقمية،و المواقع الإلكترونية العلميّة و البرامج الكامبيوترية (الاقراص) المختلفة.
و من الخدمات القيّمة الأخري التي يقدمها هذا المركز إيجاد المواقع الإلكترونية التخصصية في العلوم الإسلامية و إقامة الملتقي الوطني لمعاجم العلوم الإسلامية.يذكر أن معجم العلوم الإسلامية الذي أصدر هذا المركز كان قد حصل علي عنوان كتاب العام لجمهورية ايران الإسلامية و خطي بتأييد و تكريم  منظمة اليونسكو.

مركز الدراسات الثقافية والاجتماعية
تم تأسيس هذا المركز سنة 2007 : «للتعرف علي مستقبل الأوضاع الثقافية و الإجتماعية في جميع المستويات وكذا بحثها» و «تقديم التحليلات و المقترحات المسارية في مراكز رسم و إتخاذ القرار» و «بيان أفكار المفكرين المسلمين» و «التعرّف علي المكانة الثقافية و الإجتماعية لعلماء الدين» و المساعدة في «حل  العقد التي يعاني منها المجتمع في مجال الثقافة و الإجتماع». و يتكون مركز البحوث هذا من أربعة مجاميع هي «الدراسات الأساسية و البحوث الدينية و الثقافيّة و الإجتماعية».
و «اختيار الأفكار و المسار الإجتماعي» و «البحث المنهجي و السياسات الثقافية و الإجتماعية» و «دراسات [واقع] علماء الدين» و هي تعمل حاليا علي دراسة العمل في 30 مشروعا تحقيقا.
و من الخدمات القيّمة التي يقدّمها مركز البحوث هذا إعداد و تدوين الجانب الثقافي في الخطة الخمسية للبلاد [ايران] كذا المنشور الاخلاقي للإنتخابات.

 
مركز التعاون العلمي و الايحاثي
انّ اداره تنظيم و توجيه التعاون العلمي و الابحاثي في معاونية بحوث مكتب الاعلام الاسلامي هي من الواجبات الخاصة بمركز التعاون العلمي و الابحاثي. و تقع تنفيذ هذه المهمة علي عاتق ثلاث ادارات هذا المركز. و من ضمن انشطة هذا المركز هو استحداث وكالة  انباء بادباwww.padpa.ir المختصة بالايحاث الدينية
ادارة الانشطة البرمجية
انّ تنفيذ اوامر و توجيهات قائد الثورة الاسلامية – مدظله العالي- فيما يتعلق بانشطة البرمجة و اقامة الموتراث العلمية و استحداث منصة لطرح الارا ء و الأفكار بحرية و التنظير و السعي لتنمنية‌ و تعميق العلوم الاسلامية و تهيئة الارضية المناسبة لابداع و تنمية العلوم الاسلامية و العلوم المتعلقة بها و التثقيف و ايجاد التعامل العلمي بين الباحثين في المجال العلمي و موضوع الخنب العلمية و المراكز العلمية و الدينية و مساندة‌ و دعم ذوي الافكار الحديثة و المخترعين و المنظرين في مجال الفكر الديني و تبديل السنة العلمية الشفهية في الحوزات العلمية الي توجه علمي مدّون و خالد هي من ضمن الاهداف و الواجبات الرئيسية لادارة الاتشطة البرمجية.
ان اقامه الموتمرات ذات الاختصاص و المختبرات العلمية و استحداث مراكز تسجيل الاختراعات و ذلك لحفظ الافكار و تسجيلها و اعطائها هوية خاصة بها و تبنّي النظريات الحديثة و الابحاث الجديدة لهي قسم آخر من نشاطات هذه الادارة- ان نتاجات هذه الادارة تطرح علي هيئة كتب و منشورات علمية و اقراص مضغوظة للاجتماعات – وكذلك يقدم سايت www.danaee.com تقارير علمية لهذه الموتمرات الي جانب اصدار المقالات المولفة في موضوع الانشطة البرمجية.
اداره تنظيم البحوث الدينية.
الاعمال الرئيسية و المركزية لهذه الادارة‌ هي السعي لتنظيم الأنشطة المتعلقة بالابحاث الدينية و من ضمن واجبات هذه الادارة هي: معرفة الاختراعات و المستجدّات العلميه في مجال الابحاث الدينية و معرفة الباحثين الدينيين المجددين و اقتناص الرؤي و النظريات الحديثة في آثار الابحاث الدينية مثل الاطروحات الافضل علي مستوي الما جستير و الدكتوراه و ...
ادارة‌ التعاون العلمي و الدولي
الواجبات الرئيسية لهذه الادارة هي التوجه العلمي و الابحاثي بالعلاقات الدولية . انّ اقامة‌الاتصالات بالمفكرين الاجانب و دعوتهم للحضور الي مركز بحوث العلوم و الثقافة الاسلامية و ايجاد قنوات الاتصال العلمي مع مراكز الابحاث في خارج البلاد و ايفاد الباحثين العاملين في مركز الابحاث الي سائر الدول هي جزء من واجبات هذه الادارة.
 
هيئة تنظيم مراكز الإجابة علي الاستفسارات
أسست هذه الهيئة تلبية لأوامر سماحة قائد الثورة الإسلامية في مجال حركة الردّ علي الإستفسارات و استنادا للفقرة «ح» من المادة 159 للخطة التنموية الثالثة للبلاد و القرار رقم 500 للمجلس الأعلي للثورة الثقافية و بهدف رسم سياسات الرّد علي الأسئلة الدينية، و تنظيم و تنسيق و دعم المراكز التي ترّد علي تلك الاستفسارات و ذلك سنة 2002.
و من جملة النشاطات الأخري لهذه الهيئة التعرّف علي أكثر من 75 مركزا للرد علي الإستفسارات و أيجاد التعامل العلمي و المعلوماتي بينها، و كذا ايجاد و توسعة خط: www.porsojoo.com «الرد علي الإستفسارات» و تقديم الأجواء المجازية [المراسلة عن بعد] لمراكز الرّد من خلال هذا «النظام» و كذا تجميع التراث المدوّن و الرقمي للإستفسارات و الإجابات للمراكز و توزيع 60000 سوال و جواب في إطار الأقراص المدمجة بين المراكز، و تفعيل مشاريع التعرّف علي الشبهات و الردود و حماية مراكز الإجابة علي الشبهات و إصدار فصليّة ( آئينه انديشه) [مرآة الفكر]  التي تمثل جزءا من نشاطات هذه الهيئة. 
 
إصدارات مركز بحوث العلوم و الثقافة
يعد مركز الإصدار، هذا الناشر الخاص لتراث مركز بحوث العلوم و الثقافة الإسلامية ( الفقه و الحقوق و الفلسفة و الكلام و التاريخ و السيرة و العلوم و الفكر السياسي و إحياء التراث الإسلامي و...) حيث حصل الي الآن علي جائزة أفضل كتاب في المسابقة و كانت 20 من مؤلفاته قد نالت درجة القبول في مهرجانات مختلفة فيما حصلت علي عنوان الناشر الوحيد الذي نال درجة أفضل كتاب في المسابقة و الذي اقامته الحوزة ( العلمية) سنة 2007.

المكتبات العامة و التخصصية لمعاونية البحوث
تم استحداث هذه المكتبات لتحقيق عملية إيصال المعلومات العلمية و التحقيقية الي المحققين و الباحثين و كافة أصناف المجتمع و تنقسم هذه المكاتب الي قسمين تخصصية و عمومية حيث تتضمن المكاتب العامة مكتبات طلابية و للإخوة و الأخوات و طلاب العلوم الدينية و الكتاب و مصادر للنساء و مكتبات للخطوطات و ارشيف لأصدارات الصحف و المجلات فيما يتضمن القسم التخصصي (مكتبات للكتب الفلسفة و الكلام و التاريخ و السيرة و الفكر السياسي و الفقه و الحقوق و علم الإجتماع) و مكتبات تخصصية لمركز الثقافة و المعارف القرآنية و مركز بحوث انتظار النور و ...
يذكر أن هيكلية خدمات المكتبة في هذه المكتبات هي بطريقة البرمجة الكامبيوترية، كما أن جميع المصادر قد تم فهرستها و ترتيبها و هي تؤدي اليوم خدمات قيّمة من خلال ما تقدمه من كتب يتجاوز عددها ال 250000 كتاب.