شهيد ثاني پس از رحلت پدر، عازم ميس در جبل شد و نزد شيخ علي عبدالعالي تلمذّ كرد. در اين زمان او 14 سال داشت. تا سال 933 ه در جبل ماند و شرائع الاسلام و الإرشاد و بيشتر قواعد را نزد استاد تلمذ نمود. شهيد ثاني هشت سال و سه ماه در ميس توقف كرد. در طي اين مدّت بين او و استادش مهر و محبتي شديد ايجاد شد.
سپس عازم كَرَك گرديد كه شيخ علي الميسي شوهر خاله‌اش در آنجا اقامت داشت. نزد مرحوم سيد حسن ابن سيد جعفر صاحب كتاب المحجة البيضاء، جمعي از فنون از جمله قواعد ميثم بحراني در كلام و التهذيب در اصول فقه و العمدة الجلية در اصول فقهي و الكافية در نحو را خواند.
دمشق
پس از هفت سال توقف در كَرَك عزم وطن كرد و به جبع بازگشت و مردم جبع استقبال شاياني از او نمودند. از سال 934 ه تا سال 937 ه در جبع ماند و به مطالعه و يادداشت و ارشاد و راهنمايي پرداخت. از اين نظر به الگويي از يك انسان رسالتمدار تبديل شد كه نسبت به فرزندان كشور خود بسيار دلسوز و مهربان بود ولي همه اين‌ها باعث بازماندن ايشان از تحصيل علم نگرديد. از اين رو به دمشق رفت و از سوي بزرگان دمشق به ويژه شيخ فاضل و محقق و فيلسوف شمس الدين محمد بن مكي مورد استقبال قرار گرفت و بعضي از تأليفات ايشان را در طب و هيأت و بخشهايي از حكمت اشراق سهروردي را نزد ايشان خواند و علم قرائت را نزد شيخ أحمد بن جابر تلمذ كرد و در سال 938 ه به جبع بازگشت.
براي بهره‌گيري علمي بيشتر در سال 941 ه دوباره به دمشق بازگشت و از محضر جمعي از فضلا از جمله شيخ شمس الدين بن طولون دمشقي استفاده كرد و صحيحين را نزد او خواند و از او اجازه روايت گرفت.
مصر
تكاپوي علمي شهيد ثاني به شام محدود نشد بلكه سعي كرد كه از مكاتب و مدارس فكري مذاهب گوناگون اسلامي اطلاع يابد. از اين رو راه مصر را در پيش گرفت و در سال 943 ه به مصر سفر كرد ولي وقتي به غزه رسيد با شيخ محي الدين عبدالقادر بن أبي الخير غزّي برخورد كرد. در اين ديدار بين آن دو، مباحثات علمي صورت گرفت و شهيد ثاني از او اجازة كلّي گرفت. رابطه آن دو آن قدر نيك و دوستانه شد كه شيخ غزّي او را به مخزن كتابهاي خويش برد و شهيد ثاني كتابهاي او را زير و رو كرد. وقتي شهيد ثاني عزم بيرون رفتن از مخزن كتب را نمود، شيخ غزّي از او خواست كه كتابي را از براي خود انتخاب كند.
پس از اندكي توقف در غزّه دوباره راه مصر را در پيش گرفت كه در آن زمان جايگاه خاصّي در انديشه و فرهنگ و علوم داشت .پس از آن كه از علوم و معارف اسلامي توشه‌ها گرفت و از شيوه‌ها و مكاتب فكري گوناگون اطلاع حاصل كرد در سال 934 ه مناسك حج را به جاي آورد و در سال 944 ه به كشور بازگشت. طالبان عالم از بازگشت او شادمان شدند و خانه او مملو از دانش جويان و طالبان ارشاد و راهنمايي شد. خانه او گنجايش اين كار را نداشت لذا مسجدي بنا نمود.
خوب است اشاره شود كه او از سال 933 ه نشانه‌هاي اجتهاد را در خود احساس نمود و قدرت استنباط وي آشكار گرديد و در حالي كه 33 سال بيشتر نداشت مردم براي تقليد به ايشان مراجعه مي‌نمودند.
بغداد
در سال 946 ه از دوستان خود دل كند و قصد زيارت ائمه(ع) عراق را نمود. مي‌گويند در اين مسافرت افرادي از جاهاي گوناگون و داراي اديان مختلف همراه او بودند. بعضي از ايشان دشمن شيعه بودند. ولي شهيد ثاني توانست با حكمت و رفتار عالي خويش آن‌ها را به خود مايل كند و آن چنان صفا و صميميتي بين آن‌ها ايجاد شد كه در نماز نيز او را همراهي مي‌كردند. بدين ترتيب يك دشمن تبديل به دوست شد.
بيت المقدس
بيت المقدس جايگاه ويژه‌اي در قلب و روح او داشت. چرا كه قبله اوّل و حرم دوّم مسلمانان به شمار مي‌رفت. در نيمه ذي‌الحجة 948 ه به زيارت بيت المقدس رفت و در آنجا با شيخ شمس الدين بن أبيلطف مقدسي ديدار نمود و بخشي از صحيح بخاري و صحيح مسلم را نيز او خواند و اجازه كلي از او دريافت نمود، سپس به جبع بازگشت و تا سال 951 ه در آنجا به مطالعه و يادداشت مشغول شد.
قسطنطنيه
شهيد براي ديدار با بعضي از مسؤولان بزرگ به قسطنطنيه سفر كرد. معمولاً در آن زمان رايج بود هر كسي كه مي‌خواست براي ديدار با مسؤولان دولتي به آستانه برود، بايد معرفي نامه‌اي از حاكم منطقه بگيرد. در آن دوره، قاضي صيدا فردي معروف به شامي بود. شهيد ثاني براي گرفتن معرفي نامه به او مراجعه ننمود و با استفاده از نوشته‌هاي عقلي و فقهي و تفسيري خود به معرفي خويش پرداخت. قاضي عسكر بدون اين‌كه معرفي‌نامه قاضي صيدا را بخواهد به معرفي خود شهيد ثاني اكتفا نمود. اين مسأله نشان مي‌دهد كه شهيد ثاني توانسته بود احترام رهبران و بزرگان آستانه را برانگيزد. وقتي آنان از جايگاه علمي شهيد ثاني اطلاع يافتند به او اجازه دادند هر مسؤوليت يا مدرسه‌اي را كه مي‌خواهد انتخاب كند و شهيد ثاني مدرسه نوريه بعلبك را براي تدريس برگزيد و در اين مدرسه به شيوه مذاهب گوناگون و از جمله مذهب شيعه شروع به تدريس نمود. با توجه به اين مسأله مي‌توانيم پي ببريم كه سلطان عثماني مذهب شيعه را به صورت رسمي به رسميت پذيرفته بود و از سوي ديگر در مي‌يابيم كه شهيد ثاني بر ساير مذاهب اسلامي ديگر احاطه تدريسي و مباحثاتي داشت. اين مسأله احترام او را افزون‌تر كرد و دايره تحركات علمي او آن چنان گسترده گشت كه تمام جامعه اسلامي آن روز را در بر گرفت. اين مسأله باعث حسادت بدخواهان گرديد.
پيش از اين‌كه شهيد ثاني به مدرسه نوريه بازگردد، شوق سفر وجود او را فراگرفت زيرا مي‌دانست كه در سفر مي‌تواند به توانايي‌هاي خود بيفزايد و تجربيات خود را پخته‌تر سازد و روش خود را در نگارش عمق ببخشد. از اين رو با قلمي متعادل و مطمئن شروع به نگارش كرد. از اين رو نگارش او از دقت و منطق والايي برخوردار گرديد. پس به شهرهاي گوناگون سفر كرد و با علماي آن ارتباط برقرار كرد. از كوچكترين ويژگي‌هاي اين شهرها چشم‌پوشي نكرد و تمام آن‌ها را يادداشت نمود. اين سفر نه ماه به طول كشيد.
سپس به عراق رفت و شهرتش شهرهاي عراق را نيز فراگرفت و مردم از طبقات گوناگون به ديدارش مي‌آمدند. در سال 952 ه سامراء را زيارت كرد و قبله مسجد كوفه را دقيق كرد و طبق اجتهاد خود در آن نماز گذارد و مردم نيز از او پيروي كردند.
در نيمه صفر سال 953 ه به بعلبك بازگشت و در عين حال به ارشاد و راهنمايي و برآورده ساختن نيازهاي مردم و برپايي امور ديني نيز مي‌پرداخت. با وجود شهيد ثاني، بعلبك به يك مركز علمي تبديل شد. سپس شهيد ثاني دوباره راه جبع را در پيش گرفت و به نگارش و تأليف مشغول گشت.