در ابتدای جلسه مجری پروژه –دکتر نظرزاده- عضو هیئت علمی گروه فقه سیاسی توضیحاتی از فرایند تحقیق ارائه داد: 
نظریه ولایت‌ فقیه در نظام اسلامی ایران به‌عنوان زیربنای قانون اساسی و تشکیل جمهوری اسلامی، حائز اهمیت فراوانی است، ازاین‌رو همواره در حال نقد و بررسی، طرح سؤالات و شبهات، مسائل جدید و نوآمد و بازگشایی افق‌های جدید از سوی مُثبتان و مُنکران است. 
از سوی دیگر، نسل جدید که نظام ستم‌شاهی را ندیده، دوران مبارزه و تحولات انقلابی را نچشیده، محضر مؤسس و بنیان‌گذار نظام اسلامی را درک نکرده، نیازمند بازخوانی جدید از این نظریه، مبانی و اصول آن، با ادبیات بازتولید شده نوین، متناسب با فهم خود است.
بی‌تردید حوزه‌های علمیه تنها منبع علمی و مرجع اصلی، در ارائه نو شونده این نظریه با ادبیات روز و متناسب با فهم و درک نسل پرسش گرِ امروز است که به حق خواستار درک صحیح از مبنای قانونی نظام سیاسی و دولتی است که در سایه سار آن زیست می‌کند.
بدیهی است، بدون دریافت و تحلیل مجموعه سوالات و شبهات و نیز موضوع شناسی دقیق چالش های ذهنی امروزین نسل نو، بویژه طلاب و فضلای نسل سوم انقلاب اسلامی که خود به لحاظ نقش و جایگاه به عنوان مدافع و مبلغ حکومت اسلامی تعریف می شوند، بازنویسی، نوسازی و بازتولید نظریه ولایت فقیه برای آنان اثربخشی لازم را نخواهد داشت.
  از آنجا که موضوعات و مسائل روز، حول و حوش موضوع ولایت‌فقیه اعم از سؤالات و شبهات، در حوزه‌های علمیه در قالب کرسی‌های درس، مباحثات طلبگی (نشست‌ها و همایش‌های علمی درون حوزه‌ای)، جزوه، مقالات، کتب و آثار مختلف دیجیتال در فضای مجازی و شبکه‌های اجتماعی و پایگاه‌های اطلاع‌رسانی، در حال طرح و اشاعه می‌باشند و در فراز و فرود رخدادها و جریانات سیاسی داخلی و خارجی مانند انتخابات، برجام و جنگ‌های نیابتی منطقه‌ای و ... مرتب بازتولید و بازنشر می‌گردند، طرح میدانی «موضوع شناسی و مسئله‌یابی ولایت‌فقیه» در حوزه‌های علمیه، در این بستر پرالتهاب و متحول بسیار ضروری و مفید می‌نماید.
با توجه به اهمیت تعیین بازه زمانی در هر پژوهش میدانی و تأکید سفارش‌نامه تحقیق بر روزآمدی و نو آمدی مسائل در حوزه موضوعی طرح، که در سال 1396 آغاز گردید، منطق حکم می‌کرد، موضوع شناسی و مسئله یابی ولایت‌فقیه در حوزه، در فضای دو سال 1394 و 1395 مورد جستجوی محققان واقع شود. 
بر این اساس برخی دروس خارج علما و فضلای مشهور، کرسی های مناظره و نظریه پردازی موسسات فقهی و اصولی معتبر و مشتهر، کتب معتبر منتشره از سوی انتشارات وابسته به نهادهای حوزوی و پژوهشگاه های مهم حوزه، مجلات فقهی و اصولی و سیاسی حوزوی و نیز شخصیت های مطرح در حوزه سیاست و حکومت اسلامی اعم از دیدگاه های سلبی و ایجابی در این بازه زمانی، مورد جستجو و بررسی دقیق قرار گرفت، در مرحله اول «موضوع شناسی» از میان نتایج به دست آمده، به انجام رسید، که در نهایت 5 محور مرتبط با ولایت فقیه و نظام اسلامی استخراج و طبقه بندی شد، 2 محور در مبانی ولایت فقیه که مباحث درجه دوم علمی محسوب می شوند و 3 محور نیز در خصوص مباحث درجه اول نظام اسلامی به دست آمد، در نهایت با توجه به طرح تحقیق مصوب، مسایل مربوط به شخصیت علمی و اجرایی در محور ششم گنجانیده شد که عبارتند از:
محور اول: مبانی عقلی و کلامی ولایت فقیه
محور دوم: مبانی فقهی و اصولی ولایت فقیه
 محور سوم : مسائل حقوقی و سیاسی نظام اسلامی(مقام ثبوت)
 محور چهارم: مسائل نظام سیاسی و حکومتی(مقام اثبات)
 محور پنجم: مسائل کارکردی و کارآمدی نظام اسلامی
محور ششم: مسائل شخصیتی و فردی ولی فقیه (رهبران نظام ج.ا.ا)
در مرحله دوم، مساله یابی طرح با تجمیع نتایج مستخرجه با حذف موارد مشابه معنایی و ادبیات متنوع با مفهوم واحد، در قالب 60 مساله از ترکیب سوالات زیرمجموعه موضوعات و محورهای ششگانه سامان یافت.
در مرحله سوم، برای سنجش «مساله بودگی» مسایل استخراج شده، در عرصه اندیشه و باور حوزویان پرسشنامه ای تنظیم گشت تا میزان اهمیت و زنده بودن هر یک از مسایل از نظر پاسخ دهندگان تعیین گردد، با توجه به حساسیت موضوع و تخصصی بودن مسائل، گروهی ویژه و محدود از فضلا، نخبگان و فرهیختگان حوزه به‌عنوان مخاطبان پرسشنامه انتخاب شدند.
با توجه به پیچیدگی موضوع و اختلاف سلیقه در طرح چنین مسائلی در جوامع علمی و حوزه‌ای، از میان حدود 200 پرسشنامه توزیع شده، حدود 50 پرسشنامه تکمیل و اعتبار کافی جهت سنجش را داشتند که توسط کارشناسان خبره با بهره‌گیری از ظرفیت نرم‌افزارهای آماری، مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند.

در یک نتیجه‌گیری کلی که به منزله خروجی پژوهش محسوب می شود، ده مسئله با بیشترین فراوانی به‌عنوان مسائل مبتلابه ولایت‌فقیه و نظام اسلامی در حوزه‌های علمیه تعیین شده‌اند. که در جدول زیر آمده است

 ده مسئله اصلی ولایت‌فقیه در حوزه‏های علمیه از نظر کارشناسان

در پایان اعضای حاضر نظرات خود را ارائه دادند.