علم کلام شامل آن دسته از مجموعه مباحثى است که با روش عقلى و نقلى به تنسیق، تنظیم و تبیین آموزه هاى دینى و دفع شبهات مى پردازد. در این راستا گروه کلام اسلامى پژوهشکده، بررسى مکاتب کلامى و اندیشه هاى متکلمان مختلف و بازخوانى مجدد آنها، یافتن پاسخ هاى تازه و دفع شبهات جدید را در برنامه ریزى هاى خود گنجانده است. این گروه در عین حال که به میراث کلامى گذشته اهتمام ویژه دارد،   براى مباحث فلسفه دین نیز جایگاه مهمى قائل است. در حال حاضر، دو طرح کلان «اندیشه نامه متکلمان شیعه» و «عقل و دین» را در دست انجام دارد که اهداف و برنامه های آنها در ادامه بیان خواهد شد. در کنار این کلان پروژه ها، تک‏ نگارى هایى در موضوعات مختلف نیز در گروه کلام در دست انجام است که برخى از آن‏ها پروژه هاى ناتمام گذشته هستند که مراحل نهایى خود را طى مى کنند و برخى نیز به جهت اهمیت موضوع در دستور کار قرار گرفته اند. هم چنین از دیگر برنامه هاى مورد اهتمام گروه کلام برگزارى نشست هاى علمى و استفاده از صاحب نظران در بررسى موضوعات مختلف است. این نشست ها در موضوعات اصلى کلان پروژه‏ها انجام شده و در بررسى همه جانبه موضوع و بهره مندى از نظرات مختلف اندیشمندان تأثیر به سزایى دارد و پژوهشکده بعد از اجراى این نشست ها و گفتگوها، آن‏ها را ضمن مجموعه گفتگوها، به چاپ خواهد رساند.

بخشی از طرح های فعال گروه کلام در قالب کلان پروژه‌ها و بخشی دیگر به صورت تک نگاری های منفرد در دست انجام است.

الف) کلان پروژه ها

1.  کلان پروژه «اندیشه نامه متکلمان شیعه»:
 بررسى مسائل جدید کلامى و پاسخ به سؤالات انسان امروز نمى‏تواند بدون آشنایى دقیق با مبانى و اصول کلامى و بدون توجه به میراث کلامى گذشته صورت گیرد. پیش برد فکر و اندیشه باید بر اساس میراث گذشته صورت پذیرد تا از اصول دینى و عقیدتى خویش دور نیفتد و سر از انحراف فکرى و عقیدتى درنیاورد. بدین منظور، گروه کلام طرح کلان «اندیشه نامه متکلمان شیعه» را به عنوان اولین گام براى شناخت تاریخ جامع کلام شیعه در دست انجام دارد. در این طرح تک نگارى هایى در مورد آراى کلامى هر یک از متکلمان برجسته شیعه در دوره هاى مختلف حیات کلامى شیعه صورت مى پذیرد.

 * طرح هاى فعال ذیل این کلان پروژه:
1. اندیشه نامه کلامى فیض کاشانى، احداله قلى زاده (آماده نشر)
2. اندیشه نامه کلامى ابن میثم بحرانى، على اله بداشتى (آماده نشر)
3. اندیشه نامه کلامی ابن قبه، عباس میرزایی (آماده نشر)
4. اندیشه نامه کلامى خواجه نصیر طوسى، حسن طارمى
5. اندیشه نامه کلامى مقدس اردبیلى، سید علی حسینی
6. اندیشه نامه کلامى شیخ طوسى، محمد صفر جبرئیلى
7. اندیشه نامه کلامى شیخ صدوق، سید حسن طالقانی( آماده نشر)
8. اندیشه نامه کلامى شیخ مفید، علیی نقی خدایاری
9. اندیشه نامه کلامی محمد بن ابراهیم نوبختی، خانم نبوی
10. اندیشه نامه کلامی فاضل مقداد، غلامعباس عشرتی
11. اندیشه‌نامه کلامی ملامهدی نراقی، اسماعیل دانش
12. اندیشه‌نامه کلامی کلامی شیخ بهایی، سعید روستا آزاد
13. اندیشه‌نامه کلامی ابوالصلاح حلبی، سیدحسین حائری
14. اندیشه‌نامه کلامی زیدبن علی، عبدالمجید اعتصامی( آماده نشر)
15. اندیشه‌نامه کلامی ابن عباس، علی‌رضا فرج‌پور
16. اندیشه‌نامه کلامی معتزلیان شیعه شده، عباس میرازیی( آماده نشر)
17. اندیشه نامه کلامی علامه حلی، محمدرضا بهروز
18. اندیشه نامه کلامی حکیم سبزواری، اصغر رمضانی
19. اندیشه نامه کلامی جابر بن یزید جعفی، مصطفی حقانی فضل
20. اندیشه نامه کلامی متکلمان ناشناخته، سید علی اکبر موسوی تنیانی
21. اندیشه نامه کلامی شیخ حر عاملی، محسن گلشاهی
22. اندیشه نامه کلامی عبدالرزاق لاهیجی، محمد حسین فاریاب
23. موسوعه اعتقادی مومن الطاق، اکبر کرباسی
برخى دیگر از متکلمینى که تدوین اندیشه نامه کلامى آن‏ها در دستور کار است، عبارتند از: محقق حلى، شهید اول، فخر المحقیقن، محقق کرکى، فضل بن شاذان، ، قاضى سعید قمى، ابن شهر آشوب، قطب‏الدین راوندى، ابوالفتوح رازى، ابوالفتح کراجکى، میرزاى قمى، کاشف الغطاء، دشتکى، علامه بلاغى، علامه طباطبایی و... .

2.  کلان پروژه «دین و عقل»:
 تبیین رابطه میان عقل و دین همواره از اساسی ‏ترین دغدغه هاى فیلسوفان و متکلمان بوده و امروزه نیز بحث در این باره از مهم ترین مباحث در فلسفه دین به شمار مى آید. مباحث مطرح در این قلمرو هم به لحاظ نظرى بسیار مهم اند و هم به لحاظ عملى تاثیر بسزائى در جامعه دینى دارند. گروه کلام با هدف تحکیم مبانى دینى در حوزه نظرى و تقویت شعائر دینى در حوزه عملى طرح کلان «عقل و دین» را در دست اجرا دارد. در این طرح کلان، متکلمان و فیلسوفانى از دو حوزه فکرى اسلام و مسیحیت برگزیده شده و با مقایسه آراى آن ها با یک دیگر تلاش مى شود دیدگاه هاى متفکران مسلمان در این باب تبیین گردد.

* طرح هاى فعال ذیل این کلان پروژه:
1. عقلانیت و معنویت از نگاه کرکگور، یحیی نصرتی (آماده نشر)
2. زبان دینی ویتکنشتاین، محمد حسین مهدوی نژاد
3. استنتاج بهترین تبیین و خداباوری، منصور نصیری
4. عقل و وحی از دیدگاه متکلمان امامیه، سیدمهدی مرتضوی

 ب) تک نگارى ها (تألیف و ترجمه)
1. سنجش عقلانى نظام هاى اعتقادى تشیع و سلف گرایى، سیدصادق سیدحسینى
2. فلسفه دین، استوارت براون، ترجمه علیرضا اسعدى
3. انسان شناسی متکلمان امامیه در پنج قرن نخست، سعیده سادات نبوی

 ج) نشست ها و گفت و گوها
1. همایش علمی وحی به کلام الهی یا کلام بشری با حضور اساتید محترم:
حجج اسلام و المسلمین آقایان سیدیدالله یزدان پناه، سید محمدعلی ایازی و دکتر هادی صادقی در تاریخ 30/3/1387.
2. نشست نقد کتاب تناقض نما یا غیب نمون با حضور دکتر منصور نصیری و مؤلف کتاب آقای دکتر محمدامین احمدی 13/4/87.
3 . جلسه رویکردهای پژوهشی در علم کلام با حضور دکتر محمدرضا بهشتی.

د) آثار منتشره
1. زبان دین، امیر عباس على زمانى، 1375.
2. مبانى فلسفه مسیحیت، اتین ژیلسون، ترجمه محمد محمدرضایى و سید محمود موسوى، 1376.
3. دین و چشم اندازهاى نو، پیتر آلستون، میلتون یینگر و محمد لگنهاوزن، ترجمه غلامحسین    توکلى، 1376.
4. تناقض نما یا غیب نمون، نگرشى نو به معجزه، محمدامین احمدى،1378؛ ویرایش جدید 1389.
5. حقیقت دینى در عصر ما، ویلیام مونتگمرى وات، ترجمه ابوالفضل محمودى،1379.
6. صراط مستقیم، نقدى بر قرائت دکتر سروش از پلورالیسم دینى، عباس نیکزاد،1380؛ ویرایش جدید 1389.
7.  تنزیه الانبیاء والائمة، للشریف المرتضى علم الهدى، تحقیق: فارس حسون کریم،1380.
8. نقد برهان ناپذیرى وجود خدا، عسکرى سلیمانى امیرى،1380.
9. نامه اى که نانوشته ماند، تحلیلى درباره حدیث «دوات و قلم»، غلامحسین زینلى،1381.
10. اراده خدا از دیدگاه فیلسوفان، متکلمان و محدثان، على اله بداشتى،1381.
1. تجربه دینى و گوهر دین، علیرضا قائمى نیا،1381.
2.  گفتگوى مذاهب (عدالت صحابه)، محمد حسن زمانى،1381.
3.  الاهیات اگزیستانسیالیستى، جان مک کوارى، ترجمه مهدى دشت بزرگى،1382.
4.  جاودانگى، رضا اکبرى،1382.
5. مبانى فلسفه دین، دیوید اى. پیلین، گروهى از مترجمان، ویراسته سید محمود موسوى،1383 .
6. ایمان گروى، رضا اکبرى،1384.
7. انتظار بشر از دین، محمدامین احمدى،1384.
8. عقلانیت و دین، راجر تریگ، ترجمه حسن قنبرى،1385.
9. دوازده جانشین، پژوهشى در باب احادیث خلفاء اثنى‏عشر، غلامحسین زینلى،1386.
10. برهان وجودى، جاناتان بارنز، ترجمه احمد دیانى،1386.
11. بازگشت به مبناگروی سنتی، ریچارد فومرتن و ... ترجمه و مقدمه رضاصادقی، 1387. 
12. هشام بن حکم، علی رضا اسعدی، 1388.
13. اسلام و مسیحیت، ویلیام مونتگمرى وات، ترجمه خلیل قنبرى، 1389.
14. برهان صدیقین در فلسفه اسلامى، سعیده سادات نبوى، 1389.
15. توجیه باوری: آری یا نه؟، محمدعلی مبینی، 1389.
16. اندیشه نامه کلامی مؤمن الطاق، اکبر کرباسی
17. اندیشه نامه کلامی سیدرضی، علی‌رضا اسعدی
18. اندیشه نامه کلامی نوبختیان، سید علی حسینی زاده
19. اندیشه ‏نامه کلامى سید مرتضى، علیرضا اسعدى
20. عقل و نص در اندیشه ظاهرى ابن حزم، رویکردى انتقادى، وحید صفرى
21. حکمت الهی یا آفرینش هدفدار، دکتر امیر شیرزاد