حوزه رياست
اين اداره كل با در اختيار داشتن گروه پيگيري و دبيرخانه رياست به منظور عملياتي‌سازي و اجراي دستورات رياست محترم دفتر در راستاي تحقق اهداف، وظائف و مأموريت‌هاي كلان دفتر انجام وظيفه ميكند.
برخي فعاليت‌هاي ويژه زير مجموعه حوزه رياست
گروه مشاوران رياست
اين گروه به منظور پشتيباني فكري از رياست محترم دفتر در زمينه سياست‌گذاري‌ها، تصميم‌گيري‌ها و فرآيندهاي اجرايي برنامه‌هاي سازماني تشكيل گرديده كه مركب از 7 نفر مشاور است كه يك نفر از مشاورين به‌عنوان دبير گروه مشاوران مسئوليت هماهنگي و برنامه‌ريزي در اين عرصه را به عهده دارد.
دفتر پژوهشهاي خاص
دفتر پژوهشهاي خاص، به منظور آگاهي بخشي سياسي، تجزيه و تحليل كاربردي و بررسي علمي مسائل و پديدههاي سياسي ايران و جهان، تبادل اطلاعات و اخبار سياسي مربوط به نظام اسلامي، عناصر و مجامع سياسي كشور و بررسي و رصد فضاي فرهنگي كشور تشكيل شده است. و تاكنون آثار فراواني تهيه و ارائه نموده است.
دفتر پيگيري فرامين و مطالبات مقام معظم رهبري از حوزه علميه
دفتر تبليغات اسلامي حوزهي علميهي قم نيز به عنوان «نماد روشنفكري حوزه» و پيشگام در حركتهاي نوانديشانه، در پاسخ به منويات مقام معظم رهبري(مدظله العالي) در مبحث تحول در حوزه، افزون بر عضويت در شوراي پيشبرد و ارتقاي حوزه علميه، در تاريخ دهم دي ماه 1386، «دفتر پيگيري فرامين و مطالبات مقام معظم رهبري» را به منظور تلاش در جهت تحول حوزه و بررسي راهكارهاي تحقق انديشه و منويات حوزوي رهبر معظم انقلاب اسلامي تشكيل داد
شوراي مطبوعات
اين شورا با هدف سياست‌گذاري و نظارت بر سامانه مطبوعاتي دفتر زير نظر مستقيم رياست محترم دفتر تشكيل گرديده است.
.